Im Jahr 1132 wird Mimmenhausen als Miminhusin in einer Schenkungsurkunde erstmals urkundlich erwähnt. Ein Ritter von Staufenberg vermachte bei seinem Eintritt in das Kloster St. Georgen (Schwarzwald) dem Kloster verschiedene Landgüter (u. a. aus Mimmenhausen). Mimmenhausen selbst ist aber wesentlich älter. Der Ort ist zwischen dem 6. und 8. Jahrhundert entstanden. Die Herkunft des Namens ist umstritten, wahrscheinlich bedeutet er „Häuser am Wasserübergang“. Als die Abtei Salem 1331 vom Kloster Petershausen dessen letzten Besitz in Mimmenhausen erwarb, war damit auch die Schutz- und Schirmvogtei verbunden. Im Ort entwickelte sich ein beachtlich reich gegliederter Handwerkerstand: Es gab u. a. Büchsenmacher, Gürtler, Glockengießer, Steinhauer, Hut- und Uhrenmacher, Gerber und Bildhauer. Außerdem wurden auch eine Mahl- und Ölmühle, eine Seifensiederei und Brauereien betrieben.

Ab Ende des 17. Jahrhunderts befand sich in Mimmenhausen die Garnison des Klosters. Da Salem als reichsunmittelbares Stift zu den Reichsständen gehörte, hatte es ein Kontingent Soldaten zu unterhalten und dem Kaiser in Kriegszeiten zur Verfügung zu stellen. Ein großer Teil der Bediensteten des Klosters wohnte in Mimmenhausen. Um deren Kindern eine entsprechende Ausbildung zu ermöglichen, bekam der Ort im 17. Jahrhundert eine Lateinschule, in der auch Deutsch, Singen und Rechnen unterrichtet wurde. Das Kloster Salem beschäftigte im Laufe seiner Geschichte viele Handwerker und Künstler. Die bekanntesten in Mimmenhausen lebenden Künstler waren Joseph Anton Feuchtmayer und Johann Georg Dirr, deren Arbeiten u. a. im Kloster und Schloss Salem und im Kloster Birnau bewundert werden können. Feuchtmayer hatte vom Kloster ein Kammergütlein auf dem Killenberg erhalten, wo er bis zu seinem Lebensende wohnte. Feuchtmayers und Dirrs Grabsteine stehen in der Pfarrkirche in Mimmenhausen, wo auch einige ihrer Kunstwerke zu finden sind. Über Leben und Werk Feuchtmayers kann man sich im, von der Gemeinde im Jahr 2000 eingerichteten, Feuchtmayermuseum informieren.

Nach dem 2. Weltkrieg erlebte die Gemeinde Mimmenhausen einen großen Aufschwung. In 3 Jahrzehnten verdoppelte sich die Einwohnerzahl. Eine Wasserleitung wurde gebaut (1951), ein Schulergänzungsbau errichtet (1954), eine Turnhalle erstellt (1964), eine Nachbarschaftsschule (1966) eingerichtet und zusammen mit Neufrach und Salem eine Kanalisation und Kläranlage (1966-1968) fertig gestellt. Für eine Gemeinde von damals knapp 2.000 Einwohnern waren dies gewaltige Aufgaben.