Im Jahr 1162 fand die erste urkundliche Erwähnung von Neufrach als Nuiveron in Zusammenhang mit dem Ortsheiligen Heinrich statt. 1220 wurden Leutkirch und Haberstenweiler erstmalig erwähnt. Durch den Erwerb von Besitzteilen u. a. der Grafen von Heiligenberg und der Ritter von Bodman gelangte das Kloster Salem bis zum Jahr 1300 in den Besitz des gesamten Ortes. Die Pfarrkirche von Leutkirch wurde im Jahr 1210 von den Herren von Rohrdorf ebenfalls dem Kloster übertragen. Um 1400 starben die Herren von Neufra aus und der Ort Neufrach, der vom Kloster Salem verliehen worden war, fiel wieder zurück an das Kloster. In Wespach erbaute das Kloster Salem im Jahr 1445 ein Siechenhaus, das nach Aufhebung des Klosters als Armen- und Altersheim Verwendung fand.

1574 und 1611 wütete die Pest in Neufrach, der das halbe Dorf zum Opfer fiel. Im 30jährigen Krieg musste Neufrach, wie alle anderen Salemer Ortschaften, unsägliche Entbehrungen ertragen. 1632 kamen die Schweden in das Salemertal, woraufhin am 28. April fast der gesamte Ort eingeäschert wurde. Im Jahr 1735 wurde die Kirche in Leutkirch, die eine der ältesten im Linzgau ist, unter Abt Konstantin Miller in den Barockstil umgewandelt. Die Kirche mit dem dazu gehörenden, aus der Mitte des 18. Jahrhunderts stammenden, Pfarrhaus und einer Weinpresse aus dem Jahr 1756 ist besonders sehenswert.

In den Jahrzehnten nach dem 2. Weltkrieg wurde die Infrastruktur in Neufrach erheblich und stetig verbessert. 1955 hat die Gemeinde ein neues Schulhaus eingerichtet und in der Ortsmitte errichtete man 1967 eine Pfarrkirche, in der eine künstlerisch wertvolle spätgotische Kreuzigungsgruppe zu sehen ist. Die Kirche wurde später durch ein Pfarrzentrum mit Jugendheim und Sozialstation, sowie einen 4-gruppigen Kindergarten ergänzt, der im Jahr 2013 neu errichtet wurde und heute ein modernes Kinderbetreuungsangebot bietet.